Vom Land Schleswig-Holstein und von der Gemeinde Grömitz kam 1989 der Vorschlag, doch für das Museum die alte im Ortskern liegende „Lindenhof-Ruine" wieder aufzubauen. Dafür sollten Städtebauförderungsmittel bewilligt werden. Nach vielen Überlegungen vor allem zur Bewältigung der Finanzierung und nach umfänglichen Förderzusagen von Land und Gemeinde hat Vollrath Wiese mit seiner Familie im September 1989 die Lindenhof-Ruine, die fast zehn Jahre ohne Dach und Zwischendecken gestanden hatte, zum Wiederaufbau gekauft. Als Folge der Wiedervereinigung Deutschlands wurden die Zuschuss-Programme gestrichen, jedoch wurde im zweiten Anlauf dann doch ein Zuschuss-Anteil von 45 % bewilligt, so dass mit großem Anteil von eigener Arbeitsleistung und mit großer ideeller und tatkräftiger Unterstützung durch Freunde des Museums (z.B. durch den 1991 gegründeten Verein zur Förderung der Naturkunde in Cismar e.V.) der Wiederaufbau in Angriff genommen und 1994 abgeschlossen werden konnte. Nach den Einrichtungsarbeiten 1995 wurde das Museum im April 1995 feierlich in seinen neuen Räumen direkt an der B 501 im Ortskern von Cismar eröffnet. Während der ganzen Bauzeit war die Ausstellung in ihren alten Räumlichkeiten hinter dem Kloster weiterhin zu besichtigen gewesen.
